1958 yılında Aksaray’da doğdu. İlk ve orta öğrenimini Aksaray’da tamamlayan Aydoğdu, Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'ni bitirdi.
Orta öğrenim yıllarından başlamak üzere; Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanlığı, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü ve Ulaştırma Bakanlığı’nda çeşitli kademelerde görev yapan Aydoğdu ayrıca, TRT Genel Müdürlüğü’nde program yapımcılığı görevinde bulundu.
1986 yılında İçişleri Bakanlığı’nda Kaymakamlık mesleğine intisap eden Aydoğdu’nun, Ağrı Kaymakam Adaylığı ile başlayan mülkî idare amirliği görevi bu güne kadar devam etti.
Sırası ile Nevşehir Derinkuyu, Çorum Mecitözü, Malatya Doğanyol ve Antalya Gazipaşa kaymakamlıkları ve Sivas Vali Yardımcılığı görevlerini ifa eden Cengiz Aydoğdu, 1987-88 yıllarında ise İçişleri Bakanlığı tarafından uygulanan bir program çerçevesinde İngiltere’de, lisan öğrenimi ve İngiliz İdarî Sistemi hakkında eğitim aldı.
1997 yılında İçişleri Bakanlığı Merkez Teşkilatı’nda görevlendirilen Aydoğdu, APK Kurul Başkanlığında Daire Başkanlığı, Personel Daire Başkanlığı, Personel Genel Müdür Yardımcılığı ile Nüfus ve Vatandaşlık İşleri Genel Müdür Yardımcılığı görevlerini yürüttü. Aydoğdu daha sonra 2002-2006 yılları arasında Nüfus ve Vatandaşlık İşleri Genel Müdürü olarak görev yaptı.
2006 yılından itibaren ise önce Artvin’de daha sonra Kırklareli’nde Vali olarak görev aldı.
Şu anda 26. Dönem AK Parti Aksaray Milletvekili olarak TBMM de görev yapmaktadır,
Evli ve iki çocuk babası olan Cengiz Aydoğdu İngilizce bilmektedir.
